Áhrif búsetu manna, landbúnaðar og skógræktar á gróðurfar í Elliðaárdal hafa verið mikil. Hátt í 320 tegundir háplantna hafa fundist í dalnum. Háplöntur eða æðplöntur eru hópur plantna sem eiga það sameiginlegt að hafa trjákennda vatnsflutningsvefi með ligníni.
Í bókinni Elliðaárdalur, Perla Reykjavíkur (2016) kemur fram að elstu leifar gróðurs í dalnum séu í Elliðavogslögunum og eru þau nokkur hundruð þúsund ára gömul. Helsta sérkenni gróðurfarsins eru slæðingar sem bárust beint eða óbeint með manninum. Segja má að tegundasamsetningin hafi fleiri einkenni garðagróðurs en villtrar náttúru. Helstu tegundir í dalnum eru hóffífill þar sem raki er nægur, lúpína sem hefur rutt sér til rúms víða og lagt undir sig mela, flög og manngert landslag. Í niturríkum jarðvegi eru sigurskúfur og skógarkerfill orðnir algengir ásamt geithvönn sem er víðsvegar umhverfis árnar. Innlendar tegundir eru farnar að breiðast út frá ræktun í görðum í nágrenninu, má þar nefna hagabrúðu, burnirót og garðamaríustakk.